Durante la escalada de violencia contra el movimiento por los derechos civiles de 1961, Jack le pide a su vicepresidente Lyndon B. Johnson que interceda ante los demócratas segregacionistas del Sur. James Meredith, un estudiante negro, es rechazado de la Universidad de Mississippi, exclusivamente para blancos, y Jack debe enfrentarse al gobernador racista Ross Barnett.

En el segundo episodio de Los Kennedy veremos cómo la aparición en una fiesta celebrada en la Casa Blanca de Mary Meyer, amante de Jack, provoca la indignación de Jackie, que se va de casa con los niños. En medio de esta difícil situación matrimonial, Jack y Bobby deben enfrentarse a una grave crisis internacional cuando se descubre que la Unión Soviética ha instalado bases de misiles nucleares en Cuba. A pesar de las presiones militares, Kennedy llega a un acuerdo con el primer ministro soviético para desmantelar los misiles nucleares estadounidenses estacionados en Turquía a cambio de que la Unión Soviética haga lo propio con los cohetes en territorio cubano.