Su carrera avanzó a partir de entonces entre el cine y la televisión, medio este último en el que ganó un premio Emmy al Mejor Actor por su trabajo en la miniserie The executioner´s song, y otro Emmy por Lonesome Dove, además de un Globo de Oro por Quiero ser libre.En el cine, su labor ha sido premiada en varias ocasiones, como ocurrió en JFK: Caso abierto, en la que actuaba con Kevin Costner y por cuyo trabajo fue nominado al Oscar y al Globo de Oro al Mejor Actor de Reparto.

Así mismo, recibió el Oscar al Mejor Actor y un Globo de Oro por El fugitivo, película en la que trabajó Harrison Ford en el papel de un reputado doctor acusado injustamente de asesinato. Este largometraje se basó en la serie televisiva del mismo título, cuyo éxito aseguró la buena recepción de su versión cinematográfica, magníficamente llevada por el director Andrew Davis.Tommy Lee Jones actuó también en la exitosa película del director Joel Schumacher El cliente, protagonizada así mismo por la actriz ganadora de un Oscar Susan Sarandon, con cuya actuación ganó un Oscar al Mejor Actor.